ปัญหาเชิงโครงสร้างสำคัญของกระบวนการยุติธรรมไทย คือบทบาทของพนักงานอัยการที่เข้ามามีส่วนร่วมในคดีเฉพาะช่วงปลาย ทั้งที่เป็นผู้มีอำนาจตัดสินใจว่าจะสั่งฟ้องหรือไม่ฟ้องคดีต่อศาล การแยกบทบาทระหว่างตำรวจในชั้นสอบสวนกับอัยการในชั้นพิจารณาสำนวน ทำให้การคัดกรองคดีขาดความรอบคอบและขาดกลไกถ่วงดุลอำนาจตั้งแต่ต้นทาง
ในทางปฏิบัติ ตำรวจใช้เวลาทำสำนวนเฉลี่ย 61.8 วัน ก่อนส่งให้อัยการ มักอยู่ใกล้ครบกำหนดฝากขังครั้งสุดท้าย ส่งผลให้อัยการมีเวลาพิจารณาสำนวนจำกัด เฉลี่ยเพียง 11.7 วัน จึงเกิดแนวโน้ม “สั่งฟ้องไว้ก่อน” แล้วให้การพิสูจน์ข้อเท็จจริงไปตัดสินในชั้นศาล มากกว่าการพิจารณาความหนักแน่นของพยานหลักฐานตั้งแต่ต้น สะท้อนจากปี 2565 ที่อัยการไทยมีอัตราการสั่งฟ้องสูงถึง ร้อยละ 97.2 แต่มีอัตราชนะคดีเพียง ร้อยละ 72
เมื่อเปรียบเทียบกับญี่ปุ่น ซึ่งให้อัยการเข้ากำกับการสอบสวนตั้งแต่การตั้งข้อหาและรวบรวมพยานหลักฐาน อัยการญี่ปุ่นจึงสั่งฟ้องเพียง ร้อยละ 31.6 แต่มีอัตราชนะคดีสูงถึง ร้อยละ 96.6 แสดงให้เห็นว่าการฟ้องคดีเป็นผลจากการกลั่นกรองอย่างเข้มข้น ไม่ใช่การผลักภาระไปให้ศาล
นอกจากนี้ ระบบปัจจุบันยังขาดกลไกกลั่นกรองก่อนการจับกุมและคุมขัง ตำรวจสามารถยื่นขอหมายจับ หมายขัง และหมายค้นต่อศาลได้โดยตรง ทำให้มีกรณีที่ประชาชนถูกค้น จับ และขัง ทั้งที่พยานหลักฐานยังไม่ชัดเจน และแม้ท้ายที่สุดอัยการจะสั่งไม่ฟ้อง ความเสียหายต่อเสรีภาพ ชื่อเสียง และชีวิตของผู้ถูกกล่าวหาก็เกิดขึ้นไปแล้ว
การให้อัยการเข้าร่วมตั้งแต่ชั้นสอบสวนจึงเป็นการสร้าง Checks and Balances ในกระบวนการยุติธรรม อัยการจะสามารถประเมินความเพียงพอของพยานหลักฐานตั้งแต่ต้น และไม่เห็นชอบต่อการออกหมายจับหรือหมายขังหากรูปคดียังไม่ชัดเจน ช่วยคุ้มครองสิทธิเสรีภาพของประชาชน ลดคดีที่อ่อนหลักฐาน และทำให้การฟ้องคดีตั้งอยู่บนความจริง มากกว่าความเร่งรีบของกระบวนการ.
พรรคประชาชนมีข้อเสนอในการปรับปรุงกระบวนการสอบสวนคดีอาญาของไทย 3 ประการ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและคุ้มครองสิทธิประชาชน โดย
1. กำกับดูแลการสอบสวนโดยอัยการ
2. มีการกลั่นกรองก่อนขอหมาย
3. รับทราบพยานหลักฐานของผู้มีส่วนได้เสีย